土壤菌肥不匹配。土壤有酸堿之分，中性和微酸性土壤宜施用細菌性菌肥，堿性土壤宜施用絲狀微生物的藻類菌肥，施用后可固定空氣中的氮。其實土壤中的微生物很多，數(shù)量很大，大部分微生物對作物的生長發(fā)育、土壤團粒結構、物質循環(huán)有很大的影響。

土壤不利于微生物存活。果園多年不施或淺施有機肥造成土壤板結，存氧量差，根系生長緩慢。除草劑的殘留直接破壞了土壤團粒結構使土壤微生物死亡。果園施用菌肥后土壤中沒有足夠的微生物使菌肥發(fā)酵繁衍形成有效菌群，阻礙了肥效的發(fā)揮。

對菌種不了解。每種菌肥有它的屬性和作用，如球狀芽孢桿菌是細菌殺蟲菌、EM菌是抗重茬菌、乳狀芽孢桿菌是長效細菌殺蟲菌。枯草芽孢桿菌能有效防治根系周圍的真菌使作物免受侵害。

施用溫度和方法不對。菌肥一般要求地溫在5～35℃內施用，低于5℃時菌種不能繁殖，高于35℃菌種會被燒死。菌肥最好單獨施用，不要和大肥(氮、磷、鉀)混合施用。正確的施肥方法是采取溝施，挖寬30公分、深25～35公分的溝，先施入大化肥，填一層10公分左右的土，再施菌肥，這樣可避免大化肥水溶下滲殺死菌種的機會。

土壤中有機質不足。施用菌肥的關鍵是不斷培養(yǎng)土壤中的微生物。土壤中有足夠的有機物或腐殖質被微生物利用，并且在土壤中繁殖，激活營養(yǎng)。實行果園生草制，草長到15～20公分時刈割覆蓋地面，1年多次，2年全園普翻1次，以利提高果園土壤腐殖質的含量。3～5年施1次發(fā)酵好的牛、豬、羊、雞兔等家畜禽糞，為菌肥菌種的繁殖提供充足的基質，為果樹提供中、微量元素，減少小葉、黃葉等生理病害的發(fā)生。